Longen v4 / Stage 3

후보 정밀 탐색

후보 변경 결과 보고

Candidate loading

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Sequence

Decision i

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구조 미리보기 i

2D · RDKit conformer · candidate_3d PDB

2D 구조

2D loading...

RDKit conformer i

RDKit 3D loading...

RDKit conformer를 불러오는 중입니다.

candidate_3d PDB i

후보 peptide 입력 PDB를 residue 단위로 탐색합니다.

candidate PDB loading...
Residue loading...

candidate_3d PDB를 불러오는 중입니다.

딥 검증 (MD) i

최상위 후보에 한해 짧은 분자동역학으로 결합을 동적으로 확인합니다. MM-GBSA 동적 결합 에너지 + 궤적 재생.

실험 조건
  • 온도 310K (≈37°C, 체온) — 사람 몸속 조건. 이 온도의 열에너지로 원자가 계속 진동합니다
  • 용매 암시적 물모델(GBN2) — 물을 개별 분자 대신 연속체로 빠르게 근사
  • 힘 필드 Amber14, 수소결합 길이 고정
  • 길이 1 ns (2 fs × 500,000 스텝), 200 프레임 기록
  • 계산 GPU(CUDA), 시작 전 에너지 최소화
  • 결합 에너지 단일 궤적 MM-GBSA 근사(복합체 − 표적 − 펩타이드)
  • 성격 · 예측값(동적)이며 실측이 아닙니다
어떻게 보나
  • 펩타이드가 바람에 나뭇가지 흔들리듯 떨리는 건 정상입니다 — 실제 세포 안의 분자 운동을 보는 것
  • 흔들려도 표적에서 안 떨어지고 계속 붙어 있으면 → 결합이 안정적(좋은 신호)
  • 흔들리다 스르륵 빠져나가거나 멀어지면 → 결합이 약함
  • MM-GBSA ΔG가 더 음수일수록 결합이 세다는 추정(참고용 예측치)
  • 결합 안정성 점수(0~1)가 이 "버티나"를 자동 수치화 — 궤적의 펩타이드 RMSD·접촉 유지율·중심거리 이탈을 종합. 안정(≥0.7)/부분 안정/불안정(이탈)로 판정
Assay / reference design 보조 정보

Assay Gate

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Risk Flags

Loading risk flags...

Reference-Based Derivative Design

타깃 구조

receptor · pocket residue

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검증 패키지 i

구조 · 독성 · 도킹 · 특허성

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구조/계산 i

개발성/위험 i

도킹 조건 i

target receptor · pocket center · box size

setup required

타깃을 선택하면 pocket/box 조건별 후보 입력 PDB, docking, MD run이 저장됩니다.

도킹 브랜치 i

생존력 (ADMET) i

결합만큼 중요한 '몸속 생존력' — 잘리는지, 오래 버티는지, 흡수되는지 추정합니다.

선택성 (off-target 위험) i

표적에만 선택적으로 붙는가 — 비특이 결합(부작용) 위험을 사전 추정합니다.

안전성 · 독성 i

실험 전에 독성 위험을 조기에 거릅니다 — 막 손상·면역원성·자극성 사전 추정.

구조 신뢰도 i

예측 구조를 얼마나 믿을 수 있는가 — 낮으면 결과 해석에 주의.

합성 난이도 (SPPS) i

실제로 만들 수 있나 — 합성 난제를 사전 점검.